Windows por defecto apaga los discos duros después de un periodo de inactividad, lo que provoca que cuando desees acceder a algún archivo que se localiza en dicho dusco duro sea más lento, esto se debe a que Windows necesita primero inicializar el disco duro, pero la diferencia de tiempo a veces ni se nota, aún así si eres exagerado aquí tienes una utilidad llamada NoSleepHD que funciona el WIndows.
NoSleepHD lo que hace es escribir cada minuto en el disco duro que tú le especifiques previamente, al estar escribiendo cada minuto hace que el disco duro no deje de estar activo, aunque yo no te lo recomendaría para usarlo siempre porque si no dejas descansar a tu disco duro lo puedes sobrecalentar y dañarlo, así que úsalo bajo tu propio riesgo.
Enlace para descargar NoSleepHD.