Programas para editar el registro de Windows hay muchos, pero los realmente buenos son pocos, Windows ya viene con su propia utilidad para el registro de Windows llamada Regedit es buena hasta cierto punto y muy básica (limitada), si por ejemplo necesitamos buscar un valor específico su buscador no es tan potente cómo el de otros programa, mis favoritos son:
RegScanner
RegScanner es una pequeña utilidad que te permite hacer un escanear del registro, encontrar los valores de registro que coincidan con los criterios de búsqueda especificados. Después de encontrar los valores de registro, puedes editarlo, También puede exportar los valores encontrados en un archivo .reg archivo que puede ser utilizado en RegEdit o también en un informe en formato HTML.
Enlace para descargar RegScanner.
RegCleaner
RegCleaner es un programa sencillo de usar que te permite eliminar fácilmente las entradas obsoletas del registro que se han creado por programas que hace siglos que no usas.
No es como otros programas que limpian el registro, que buscan los nombres de los ficheros en el registro, y si el fichero ya no existe, borran el valor del registro de donde se encontraba el fichero registrado.
La desventaja de RegCleaner es que es un proyecto ya abandonado desde el 2001 por lo que puede presentar problemas de compatibilidad para nuevas versiones de Windows, lo he probado cón éxito en Windows 95, Windows 98, Windows Me, Windows 2000, y Windows XP (con Windows Vista creo que no funciona).