Normalmente esto es algo que no se recomienda sobre todo si son archivos que desconoces, pero si se trata de un archivo de música, documentos de office, imágenes o algo que sabes que es y que quieres eliminar y no puedes porque está siendo utilizado por alguna aplicación.
Para ayudarte a esto existen algunas herramientas para eliminar archivos en uso, pero esta vez te voy a recomendar Killbox que además de todo no es necesario instalarlo ya que es portable.
Killbox funciona gracias a que detecta el proceso o aplicación que está usando el archivo que no puedes eliminar para terminar el proceso y proceder a la eliminación segura del archivo. Aquí tienes otras soluciones para eliminar archivos que no se pueden.
Enlace para descargar Killbox.