Los programas que se cargan junto con Windows al inicio pueden ser molestos, ya que muchas veces entorpecen la carga del sistema operativo y lo vuelven más tardado, pero para quitar/agregar existe una utilidad nativa en Windows llamada msconfig, esta utilidad es muy limitada, así que la misma gente de Microsoft (a través de Sysinternals) tiene otra utilidad que nos permite administrar estos programas y procesos más fácil y con más opciones, se llama Autoruns.
Autoruns es una gran herramienta gratuita que sustituye perfectamente a msconfig, además Autoruns nos ofrece mucha más información de cada proceso de la que nos muestra msconfig lo cual también nos ayuda a detectar código malicioso. Eso sí es unicamente para Windows XP y Windows ME.
Enlace para descargar Autoruns.