Comparar archivos en están en dos distintas carpetas puede ser muy útil para varias cosas, algunas de ellas son: para determinar si la información ha sido modificada sin tu consentimiento o para comprar algún respaldo con la información de una computadora que ha sido infectada por virus, o para los programadores que necesitan ver cambios en al código fuente de un programa o script, entre muchas utilidades más, para realizar dichas comparaciones rápidamente tenemos una excelente aplicación para Windows llamada TreeCompare.
Se trata de un software gratuito y portable lo que significa que no necesita instalación, que compara todos los archivos contenidos dentro de dos carpetas o unidades de disco, esta comparación también analiza los archivos que están dentro de subcarpetas.
La aplicación la he encontrado muy útil aunque con una deficiencia ya la aplicación solo te muestra cuales archivos son diferentes y no te muestra cuales son exactamente dichas diferencias.
Enlace para descargar TreeCompare.