El sistema de archivos FAT32 es my usado pero presenta algunas desventajas porque ya es un poco viejo y el NTFS lo ha superadao ya en muchos aspectos, algunos de ellos es la compresión nativa de archivos que ofrece NTFS y el soporta para archivos de mayor tamaño, ya que el FAT32 solamente soporta archivos individuales de máximo 4GB.

Para poder convertir tu disco duro a NTFS si es que no lo tienes ya, lo puedes hacer desde Windows sin necesidad de formatear tu disco duro ni de eliminar archivos, en Mundo Geek encontré un método muy sencillo para hacer esto, tan solo debes de abrir la consola de comandos en Windows para esto vamos al menú inicio -> ejecutar -> y escribe cmd y ya cuando estés en la ventana de la consola de comandos escribe el siguiente comando:

convert d: /FS:NTFS /V

Si te fijas en este caso puse d: que es la letra de la unidad (partición) que quiero convertir, si quieres convertir el disco C entonces cambia esa letra.

Eso sí no debes de confiarte de todo esto, yo te recomendaría si puedes hacer antes de esto un respaldo de tu información importante.