Si no quieres que nadie vea el código fuente de tu programa en PHP, para que no te lo copien o que sé yo, tienes la opción de ofuscar el código, para eso existe una aplicación para Windows que se llama PHP Obfuscator, que codifica y obfusca código PHP para hacer difícil que lo descifren aún utilizando técnicas de ingeniería inversa. La aplicación no requiere que hagas pre-modificaciones a tu código o a los componentes adicionales en tu servidor. Este producto permite la codificación de funciones, variables y la eliminación de espacio en blanco.
Enlace de descarga de PHP Obfuscator para Windows XP y Vista.