Tal vez no te haya surgido la necesidad de hacer un respaldo de tus mensajes en Twitter pero se rumora que Twitter solamente guarda los últimos 300 tweets de cada usuario, o por lo que sea si buscas tener una alternativa para almacenarlos existe una herramienta llamada twistory que se encarga de colocar tus tweets en Google Calendar, Microsoft Outlook, iCal o Thunderbird.
Todo esto lo logra gracias a el feed RSS que otorga Twitter para cada usuario, así que no solamente podrás almacenar tus Tweets sino que los de cualquier persona que tenga su perfil de Twitter público.
Enlace al sitio twitstory.