Si se te hace difícil usar el eMule existe una modificación para usuarios menos avanzados, se llama VeryCD Easymule, que según Emezeta hace más fácil su configuración, con esta modificación no vas a necesitar modificar nada para optimizar el funcionamiento, pero lo único que si necesitarás hacer será abrir los puertos.
Enlace para descargar VeryCD Easymule.