Hace unos días te presenté a Factura Libre, un software gratuito para realizar facturas electrónicas en México, el cual en su primera versión estaba un poco limitado, pero ahora acaban de presentar la versión 2.0 que incluye muchísimas mejoras, con más opciones disponibles, ahora hay 2 versiones, la versión para GNU/Linux y la versión para Windows que hacen lo mismo.
Recuerda que para poder usar Factura Libre en Windows debes tener instalados estos programas que también son gratis: OpenOffice.org, OpenSSL y XSLTPROC, si usas Linux no te preocupes, pues la mayoría de las distribuciones ya lo traen incluido.
Enlace para descargar Factura Libre donde también hay una excelente guía visual.